納豆、ヨーグルト、チーズ・・・。　これらは全て発酵食品です。
これらの食品は、食品を発酵させる菌で
食材を発酵させて作るものです。
よく誤解されているのは、「発酵食品＝腐らせた食品」と言う考え。
発酵も腐敗も微生物が有機物を分解していく点は同じです。
（ちなみに、腐らせる菌のことは「腐敗菌」と呼ばれています）

発酵に使われる菌は人体に有益な物質を分泌しますが、
腐敗菌は分解していく過程で、人体に有毒な毒素を分泌します。
その結果、菌が繁殖して物が腐敗していくことになります。
発酵はその逆で、品質を変化させていくものです。
（発酵に使われる菌も繁殖しすぎると有害になることもある）

というわけで、菌が繁殖している状態である以上、
日数が進むにつれ、腐敗菌が繁殖することで物は腐ってしまうのです。